[기각] 학교법인인 청구법인이 학교 구내에 신축하여 취득한 산학협력관을 직접 사용하지 아니하고 별도의 법인인 0000산학협력단이 사용한 것으로 보아 기 면제한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

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심판(심사)사례

[기각] 학교법인인 청구법인이 학교 구내에 신축하여 취득한 산학협력관을 직접 사용하지 아니하고 별도의 법인인 0000산학협력단이 사용한 것으로 보아 기 면제한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

작성자: Tax

조회: 3758 등록일: 2015-09-25

[조심2013지0881 (2015.06.30) 취득세 기각]  [결정요지] 산학협력단과 학교법인인 청구법인은 그 설립 취지나 목적이 상이하므로 쟁점건축물을 산학협력단의 업무를 위한 강의실 등으로 사용하고 있어 이는 청구법인 자체 사업이 아닌 산학협력 사업을 위하여 사용되는 부동산으로 보아야 할 것이므로 처분청이 쟁점건축물에 대하여 기 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없음     [관련법령] 지방세특례제한법 제41조   [주    문]   심판청구를 기각한다.    [이    유]    1. 처분개요    가. 학교법인인 청구법인은 2010.8.5. OOO하고, 구 「지방세법」(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호 및 「지방세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제1항의 규정에 의거 교육용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세 등을 각각 비과세 및 면제받았다.    나. OOO을 2013.6.3. 청구법인에게 결정·고지하였다.    다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.8.13. 심판청구를 제기하였다.     2. 청구법인 주장 및 처분청 의견    가. 청구법인 주장     청구법인은OOO을 구성하여 산업체 등과 직무훈련교육계약을 체결하여 산업체 직업훈련교육을 실시하고 있는 상태로서,     처분청은 산학협력관의 운영주체를 쟁점법인으로 보았으나, 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」제8조에 의하여 국가인적자원개발사업의 위탁운영 교육기관으로 선정될 수 있는 기관은 전문대학, 「고등교육법」에 의한 대학교, 평생교육시설로 한정되므로 쟁점법인은 운영주체가 될 수 없고, OOO가 직업훈련교육을 실시하고 훈련수료보고 및 훈련비 지원신청을 하고 있는 점 등을 종합하면, 산학협력관에서 이루어지는 직업훈련교육의 교육주체는 OOO인 것을 알 수 있고,     산학협력관은 교육용 기본재산으로서 교육기본시설로 교육부에 보고된 시설이고, 쟁점법인이 이용하는 시설은 기타 부속시설로 보고하도록 규정하고 있으며, 국가인적자원개발사업 운영규정(고용노동부고시)에서 고정자산에 대하여 기업회계기준에 따라 회계처리하고 감가상각을 실시하며, 사업종료시 미상각잔액 및 미사용 현금을 반납하도록 규정하고 있는데, 2009년 사업시행당시 사학기관재무회계특례규칙이 적용되는 학교회계의 경우에는 이러한 규정에 맞는 회계처리를 할 수 없고, 「사립학교법」제29조에서 교비회계의 타 회계전출이 금지되어 있어 고정자산 미상각잔액 및 미사용현금 등의 반납에 따른 법령위반의 문제가 발생할 수 있어 쟁점법인을 설립하고 산학협력단회계로 처리하고 있는 것으로서, 쟁점법인은 별도의 법인이지만 직업훈련교육과 관련된 행정업무를 수행하는 행정전담직원은 OOO에서 급여를 지급하고 있는바,     이와 같이 회계처리를 위하여 쟁점법인을 별도로 설립하였으나 그 운영을 담당하는 개발사업단은OOO을 사용하였다고 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.   나. 처분청 의견     청구법인은 산업체 위탁교육은 「고등교육법」제40조에 의해 인정된 교육활동이며, 국가인적자원개발 컨소시엄사업 교육과정은 청구법인이 OOO으로부터 지정을 받아 운영을 한 것이고, “회계 및 자금관리”에 대해서만 청구법인의 하부조직인 쟁점법인에 위임한 것일 뿐 교육용역의 제공자는 청구법인이며, 쟁점건축물은 청구법인의 자산이고 실제 사용자도 청구법인이므로 취득세 등의 면제대상에 해당한다고 주장하고 있으나,     조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다 할 것이고, 구「지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에서 「고등교육법」등에 의하여 학교를 경영하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득ㆍ등기하는 부동산에 대하여 취득세 등을 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 당해 규정에서그 사업에 “직접 사용”이라 함은 당해 부동산을취득ㆍ등기한 자가 그 부동산의 사용주체로서 당해 사업에 직접 사용하는 것을 의미한다 할 것으로서,     처분청에서 2013.3.19. 산학협력관에 대하여 현지확인을 하고 작성한 출장복명서에는 쟁점법인이 쟁점건축물을 사용하고 있다고 복명하고 있고, 청구법인의 요청으로 2013.8.8. 2차 현지확인을 실시할 때에는 산학협력관의 외관으로는 사용주체를 판단하기 어렵다고 복명하고 있으나, 쟁점법인의 결산서에서 산학협력관이 자산으로 등재되어 있고, 교육과학기술부 등으로부터 지원금을 별도로 수령하고 있으며, 쟁점법인이 훈련비용을 신청하였고, 쟁점법인의 결산서상 설비자산 사용료 수익, 국공지원금, 유형자산 취득내역 등을 기재한 내역을 보면 쟁점법인이 쟁점건축물을 사용 및 관리한다고 보여지며, 쟁점법인이 청구법인의 산하기관이기는 하지만 구「산업교육진흥 및 산학협력 촉진에 관한 법률」제25조 제2항의 규정에따라 설립된 법인으로서 청구법인과는 그 법인격이 다른 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점법인이 쟁점건축물을 산업체 위탁교육용으로 직접 사용하고있다고 보여지므로, 청구법인이 취득한 쟁점건축물을 「지방세특례제한법」제41조 제1항의 규정에 의하여 학교가 당해 사업에 직접 사용하는부동산에 해당된다고 볼 수는 없다 할 것이므로(조심 2012지122, 2012.12.13., 같은 뜻임), 처분청에서쟁점건축물에 대하여 이 건 취득세 등을부과한 처분은 적법하다.     3. 심리 및 판단    가. 쟁  점     학교법인인 청구법인이 학교 구내에 산학협력관을 신축하여 이를 직업훈련교육장소로 사용하면서 회계처리를 위하여 별도로 산학협력단을 설립하여 당해 부동산을 산학협력단의 자산으로 계상한 것에 불과하므로 이는 학교법인이 고유업무에 직접 사용하는 것으로 보아야 한다는 청구주장의 당부    나. 관련 법령 등 : 〈별지〉기재    다. 사실관계 및 판단    (1) 처분청과 청구법인이 제출한 증빙자료에서 다음과 같은 내용이 확인된다.      (가) OOO으로 하여 공사도급계약을 체결한 것으로 공사도급계약서에서 나타난다.      (나) 청구법인이 운영하는 OOO 약정을 체결(이후 2010.1.21., 2011.1.10., 2011. 12.13., 2013.1.1. 추가 약정체결)하였다.      (다) OOO 협력사 재직자 및 취업 희망자의 서비스기술역량 향상을 위한 위탁교육을 시행한다는 내용이 기재되어 있다.      (라) 청구법인은 국가인적자원개발 컨소시엄사업의 운영주체는 청구법인이 운영하는 OOO에 제출한 훈련비용 지원신청서, 훈련실시신고서 제출 자료 및 훈련수료자 보고서 등과 청구법인 명의로 수여한 교육수료증 사본을 제출하고 있으며, 당해 증빙자료에서훈련비용은 쟁점법인 명의의 계좌로 입금하도록 기재되어 있는 사실이 나타난다.      (마) 쟁점건축물의 이용현황을 보면, 3층은 실습실·강의실, 컨소시엄운영실로, 4층은 실습실, 세미나실, 단장실로, 5·6층은 강의실과 교수대기실로 각각 이용되고 있는 것으로 제출된 건물도면, 사진 등에서 나타난다(아래 〈표1〉참조).      (바) 청구법인은 학교법인의 교육용기본재산 내역을 보고하면서 산학협력관을 교육용 재산(교사기준시설)으로 기재하여 보고한 것으로 교육용재산내역서에서 나타난다.      (사) 쟁점법인은 청구법인이 「산업교육 진흥 및 산학협력 촉진에 관한 법률」에 의거 2004.3.24. 설립한 법인으로서, 목적사업은 OOO으로 되어 있다.      (아) 쟁점법인의 장은 대학의 장이 임면하며 그 소관업무 수행은 대학의 장의 지도 및 감독을 받고 쟁점법인의 시설은 박물관, 교수·직원 등의 주택, 연수원 등과 함께 대학의 부속시설로 되어 있지만, 쟁점법인은 대학과는 독립된 법인으로서 별도의 예산이 책정되어 있고 그 회계처리도「산학협력단 회계처리 규칙」에 따르는 것으로 되어 있다.      (자) 처분청이 2013.3.9.과 2013.8.7. 산학협력관의 교육용도 사용여부에 대하여 현지확인하고 작성한 출장복명서에는 아래와 같은 조사내용이 기재되어 있다.       1) 2013.3.19. 작성한 출장복명서에는 ① 산학협력관 중 1층 및 2층은 OOO하는 것으로 조사하였다.          2) 2013.8.7. 작성한 출장복명서에는 OOO의 관계에 대한 검토가 요구된다고 기재되어 있다.      (차) 쟁점법인의 2011년도 결산서(자금계산서)에는 산학협력관과 관련하여 건물취득자금으로OOO이 지출된 것으로 기재되어 있다.      (카) 쟁점법인의 법인등기부 및 정관상 등재내용은 다음과 같다.       1) 법인등기부에는 쟁점법인의 설립일은 2004.3.24.이고, 설립목적은 OOO만 등기되어 있는 사실이 확인된다.       2) 쟁점법인의 정관상 등재내용은 다음과 같다.     (2) 이상의 관련 법령 및 사실관계 등을 종합하여 살펴본다.      (가)「지방세특례제한법」제41조에서는 「고등교육법」에 따른 학교가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하도록 규정하고 있고, 같은 법 제42조 제3항에서는  「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」제25조에 따라 설립·운영하는 산학협력단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하도록 각각 구분하여 규정하고 있다.      (나) 청구법인의 경우를 보면, 학교법인인 청구법인이 산학협력관을 취득한 후 취득세 등을 면제받았으므로 이를 유예기간 이내에 학교용도로 사용하여야 할 것이고, 학교가 해당 사업에 사용한다 함은 청구법인이 직접 이를 교육사업 자체에 사용하여야 할 것인데, 청구법인은 산학협력관을 취득하여 그 일부를 별도의 법인인 산학협력단의 강의실 등으로 사용하고 있고, 산학협력단과 학교법인인 청구법인은 그 설립 취지나 목적이 상이하므로 쟁점건축물을 산학협력단의 업무를 위한 강의실 등으로 사용하는 부동산의 경우 이는 청구법인 자체의 사업이 아닌 산학협력 사업을 위하여 사용되는 부동산으로 보아야 할 것이므로, 이를 청구법인이 직접 교육사업에 사용하는 것으로 보기는 어렵다 하겠다.      (다) 따라서, 처분청이 쟁점건축물에 대하여 감면한 취득한 등을 추징한 처분은 적법하다고 판단된다.     4. 결  론     이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.   〈별지〉관련법령     (1)지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것)   제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ①「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.   1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우  2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우   제42조(기숙사 등에 대한 감면) ③ 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」제25조에 따라 설립·운영하는 산학협력단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다.     (2) 지방세법(2010.6.4. 법률 제10340호로 개정되기 전의 것)   제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.  1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득   제127조(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기ㆍ등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.  1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기     (3) 지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정되기 이전의 것)   제79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.  2. 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자 및 「평생교육법」에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체     제94조(비영리사업자의 범위 등) ① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.   제288조(사회단체 등에 대한 감면) ④ 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 의하여 설립된 산학협력단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 도시계획세·공동시설세를 면제한다.     (4) 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률(법률 제200825호로 2011.5.19 개정되기 전의 것)   제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.  5. “산학협력”이란 산업교육기관과 국가, 지방자치단체, 정부출연연구기관 및 산업체등이 상호 협력하여 행하는 다음 각 목의 활동을 말한다.   가. 산업체의 수요와 미래의 산업발전에 부응하는 인력의 양성   나. 새로운 지식·기술의 창출 및 확산을 위한 연구·개발   다. 산업체등으로의 기술이전 및 산업자문 등    제25조(산학협력단의 설립·운영) ① 대학은 학교규칙으로 정하는 바에 따라 대학에 산학연협력에 관한 업무를 관장하는 조직(이하 “산학협력단”이라 한다)을 둘 수 있다. ② 산학협력단은 법인으로 한다.   제28조(산학협력단의 단장) ① 산학협력단에 단장 1명을 둔다. ② 산학협력단의 단장은 산학협력단의 이사가 된다. ③ 산학협력단의 단장은 산학협력단을 대표하며, 해당 대학의 장의 지도·감독을 받아 그 소관 업무를 총괄한다. ④ 산학협력단의 단장은 대학의 장이 임면한다. 이 경우 임면에 필요한 사항은 학교규칙으로 정한다. ⑤ 산학협력단의 단장이 부득이한 사유로 직무를 수행할 수 없을 때에는 정관으로 정하는 자의 순서로 그 직무를 대행한다. 제33조(회계원칙 등) ① 산학협력단의 회계는 그 수입과 지출, 재산의 증감 및 변동 상태가 명백히 나타나도록 하여야 한다. ② 산학협력단의 회계 운영에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.     (5) 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률 시행령(대통령령 제23036호로 2011.7.19. 개정되기 전의 것)   제33조(산학협력단의 회계처리 등) ① 산학협력단의 회계처리는 신뢰할 수 있도록 객관적인 자료와 증거에 의하여 공정하게 행하여야 한다. ② 산학협력단은 재무제표를 작성하여야 한다. ③ 제2항의 재무제표는 대차대조표ㆍ운영계산서 및 자금계산서로 한다. ④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 회계처리 및 재무제표작성에 관하여 필요한 세부사항은 교육과학기술부장관이 정하여 고시한다.   제36조(감사) 대학의 장은 학교규칙이 정하는 바에 의하여 소속직원 또는 외부전문가로 하여금 산학협력단의 재산상황 및 회계를 매년 1회 이상 감사하게 하여야 한다.     (6) 대학설립ㆍ운영규정(대통령령 제23297호로 2011.11.16. 개정되기 전의 것)   제4조(교사) ① 교사는 별표 2의 구분에 의한다.   [별표 2] 교사시설의 구분(제4조 제1항 관련)    ○ 부속시설 : 박물관, 교수ㆍ직원ㆍ대학원생ㆍ연구원의 주택 또는 아파트, 공관, 연수원, 산학협력단의 시설과 그 부대시설, 학교기업의 시설과 그 부대시설 및 부속학교     (7)국가인적자원개발컨소시엄 운영규정(고용노동부고시 제2012-123호, 2012.11.6.)   제4조(운영기관의 요건)① 공단은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업, 사업주단체 등을 대상으로 운영기관을 선정하여야 한다.  3. 「고등교육법」 제4조 및 「평생교육법」 제31조부터 제33조까지의 규정에 따라 교육과학기술부장관으로부터 인가를 받은 학교 또는 대학형태의 평생교육시설   제19조(운영기관에 대한 지원)① 공단은 운영기관에 별표 1 「운영기관에 대한 지원내용」에 따라 훈련시설 및 장비 비용 등을 지원할 수 있다. 이 경우 공단은 운영기관이 지원받으려는 금액의 총합이 별표 1 「운영기관에 대한 지원내용」의 전체 지원한도액을 초과하지 않는 경우 운영기관이 개별 항목의 어느 하나 이상을 해당 항목의 지원한도액을 초과하여 지원받으려는 경우에는 해당 항목의 지원한도액의 100분의 120 범위에서 지원할 수 있다.  ② 공단은 운영기관이 협약기업에 재직 중인 근로자에게 훈련을 실시하는 경우에는 법 시행령 제52조제2항에 따라 운영기관과 협약기업 간에 약정한 비율에 해당하는 금액을 훈련과정의 운영비용으로 지원할 수 있다. 이 경우 운영기관과 협약기업은 법 시행령 제42조에 따른 지원한도액의 100분의 50(협약기업의 지원한도액이 법 시행령 제42조제3항에 따른 비용지원한도 최소금액에 해당하는 경우에는 100분의 80)을 초과하여 약정할 수 없다.   제22조(지원금 관리 및 사용) ① 운영기관은 지원금에 대하여 따로 회계계정을 설정하여 회계 처리하여야 한다. ② 운영기관은 지원금 계좌를 따로 개설하여 관리하여야 하며, 지원금에서 발생한 이자수입 등 수익은 사업 회계연도 종료 후 공단에 현금으로 반납하여야 한다.   제24조(지원금에 대한 회계처리 기준 및 사업중단 등에 따른 지원금 반납)① 운영기관은 제19조제1항에 따라 지원·설치한 훈련시설·장비 및 교보재 등 고정자산에 대하여 기업회계기준에 따라 회계처리하고, 「법인세법 시행령」제28조제1항에 따라 감가상각을 실시하여야 한다. 다만, 공단은 해당 시설·장비 등의 활용실적 등을 고려하여 감가상각에 관한 사항을 달리 정할 수 있으며, 훈련프로그램, 교재, 소프트웨어는 3년간 균등 분할하여 상각하여야 한다.   ②운영기관은 컨소시엄 사업을 중단하거나 종료하는 경우 제1항에따라 감가상각하고 남은 가액을 현금으로 공단에 반납하여야 한다.   ③운영기관은 컨소시엄 사업을 중단하는 경우 훈련시설·장비의임차 보증금 전액을 현금으로 공단에 반납하여야한다.   ④ 운영기관은 컨소시엄 사업을 중단하는 경우 운영비 등에 대한 지원금의 집행 잔액을 현금으로 공단에 반납하여야 한다.

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1527	[취소] 쟁점부속면적을 주택의 연면적에 포함되는 것으로 보아 ...	Tax	3581	2016-03-11

1526	(기각)조선대를 포함한 건축물에 대한 취득세 등을 과세함에 있...	Tax	3580	2021-03-22

1525	[취소] 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 지식산업센터 설립...	Tax	3576	2016-04-04

1524	[기각] 9억원 초과 쟁점주택을 공동으로 취득한 것에 대한 취득...	Tax	3576	2015-09-25